In Rheinau ist ein breites Parteienspektrum politisch aktiv.

Der fünfköpfige Gemeinderat bildet die Exekutive. Er ist parteipolitisch breit abgestützt: 1 Mitglied SP, 1 Mitglied SVP, 3 Mitglieder parteilos.

Die Bürgerrechtskommission ist zuständig für alle Bürgerrechtsangelegenheiten, die auf Ebene der Gemeinde Rheinau zu entscheiden sind. Sie umfasst fünf Personen und wird vom Gemeindepräsidenten von Amtes wegen geleitet. Parteipolitisch ist sie wie folgt zusammengesetzt: 2 Mitglieder SVP, 3 Mitglieder parteilos.

Die Primarschulpflege ist zuständig für die schulischen Angelegenheiten vom Kindergarten bis zur 6. Primarklasse. Sie umfasst fünf Mitglieder, wobei ein Mitglied aus dem Gemeinderat delegiert ist.

Die Sekundarstufe wird gemeinsam mit den Nachbargemeinden Marthalen (Schulort), Benken und Trüllikon geführt und bildet eine eigene Sekundarschulgemeinde. Die Sekundarschulpflege besteht aus fünf Mitgliedern aus der Schulgemeinde.

Die Rechnungsprüfungskommission umfasst fünf Mitglieder mit langjährigen und ausgewiesenen Fachkenntnissen im Rechnungswesen.